Os anos 2000 também têm sido cheios de inovações para o Hermes Pardini: em 2001 foi inaugurado o serviço de vacinas e, no ano seguinte, a primeira Unidade Hospitalar. A partir de 2007, as mudanças foram mais profundas, com o início da Governança Corporativa e a mudança da marca, em 2009, em comemoração aos 50 anos de fundação da empresa.